El Hospital fue diseñado para doble función:
- hospital para enfermos
- y un panteón para el Cardenal Juan Pardo Tavera, su fundador.
El cardenal Tavera fue arzobispo de Toledo, el Gran Inquisidor, presidente del Consejo de Castilla y gobernador del reino en ausencia del Emperador Carlos I de España y V de Alemania, encargó el proyecto del hospital a Alonso de Covarrubias, que era maestro de la Catedral y arquitecto del Alcázar, el Palacio Real de Toledo.
El diseño del hospital se inspira en las grandes casas romanas con doble patio.
Pedro Salazar de Mendoza, administrador del Hospital y de la
prisión, canónigo de Toledo, encarga al
Greco la construcción de los retablos y de un tabernáculo para la figura de Cristo
Resucitado, única escultura que se conserva del artista.
El Hospital tiene un conjunto único de la maestría del Greco, una obra artística en la que une su
talento como arquitecto, como escultor y como pintor.
La última obra que realiza Alonso de Berruguete es el Sepulcro del Cardenal Tavera, que muere en el Hospital y está en la
capilla del Hospital.
Hoy en día el hospital es museo y archivo que alberga
- el Archivo Ducal de Medinaceli, cuyo documento más antiguo es del año 855 y que cubre todos los territorios de la gran monarquía Hispánica, que abarcaba España, Italia, Países Bajos, los territorios de Indias, etc.,
- el Archivo del propio Hospital,
- y
el Archivo de la Nobleza de Archivo, que es un proyecto promovido por el Duque de Segorbe para reunir la documentación de las principales casas nobiliarias españolas.Para este fin la Fundación de Medinaceli cede al Ministerio de Cultura toda un ala de este edificio.
La XVIII Duquesa de Medinaceli, que es la propietaria del hospital y patrona única de la Fundación San Juan Bautista, la fusiona con la Fundación Casa Ducal de Medinaceli.